13 km vzdálené Klatovy byly založeny kolem r. 1260 Přemyslem Otakarem II. Mezi nejvýznamnější památky patří jezuitský barokní kostel Neposkvrněného početí Panny Marie a sv. Ignáce postavený mezi léty 1656 a 1679. Jeho stavitelem byl Carlo Lurago, po něm Domenico Orsi, oba v Čechách usazení italští umělci. Zajímavostí kostela je hlavní oltář - iluzivní malba od Josefa Hiebela z l. 1716 - 17. Průčelí je vybaveno bohatým portálem, snad podle návrhu K. I. Dientzenhofera, jedné z největších osobností české barokní architektury.
Pod Černou věží, na místě vyhořelých 12 domů byla mezi lety 1675 - 1717 postavena jezuitská kolej a seminář. Působil zde historik a básník Bohuslav Balbín, napsal zde slavné dílo ’Obrana jazyka slovanského, zvláště pak českého’. Po zrušení řádu v roce 1773 byla kolej přeměněna na kasárna a pivovar. V současné době slouží budova k obchodním účelům, sídlí zde i městská knihovna.
Pod kostelem jsou rozsáhlé katakomby, do nichž byli v letech 1674-1783 pochováváni řádoví bratři a šlechta sympatizující s jezuity. Jezuité zde zavedli způsob mumifikace, který je v Čechách ojedinělý. Uložená těla nechávali ovívat proudícím vzduchem, sama se tak přirozenou cestou mumifikovala. Vzduch do krypty kostela proudil důmyslně navrženými vzduchovými kanály, vedoucími dutými sloupy uvnitř lodi až nad klenbu kostela. Celkem zde bylo pohřbeno na 200 zemřelých. Pro nedbalost při opravě kostela v třicátých letech 20. století se však asi 160 mumií rozpadlo. Dnes je zde k vidění kolem čtyřiceti těl v rakvích se skleněnými víky.
Pětipatrová Černá věž je vysoká 71 metrů. Byla postavena v letech 1547 - 1555 mistrem Antoněm, aby ohlašovala blížící se nebezpečí. Z jejího ochozu je krásný pohled nejen na město, ale i na panorama Šumavy.
Arciděkanský kostel Narození Panny Marie je nejstarším kostelem ve městě. Od poloviny 13. století prošel mnohými stavebními úpravami, dnešní podoba pochází za 14. století, na začátku 20. století byl částečně regotizován známým architektem Josefem Fantou (navrhl např. Hlavní nádraží v Praze) a opatřen sochami Čeňka Vosmíka. Vnitřek kostela je vybaven barokními oltáři, sochami a freskami. Po roce 1685 byl na oltáři umístěn zázračný obraz Panny Marie Klatovské, který na znamení zázraku ronil krev a uzdravoval.
Název barokní lékárny U Bílého jednorožce pochází od bílého rohu mořského narvala, který vysíval nad vchodem a o kterém se věřilo, že pochází z bájného zvířete jednorožce, jehož roh měl mít léčivé účinky. Zařízení lékárny pochází z roku 1773. Provoz lékárny s barokním nábytkem se udržel až do roku 1966, od té doby je zde muzeum s ukázkami starých lékárenských nástrojů a některých léčebných postupů. Ve stejném domě jsou i prostory Galerie Klatovy / Klenová.