První zmínka o pánech z Klenového pochází z roku 1287. Počátky zdejšího hradu se proto kladou do druhé poloviny 13. století. Z té doby se zachovala spodní část severní zdi paláce a hranolová věž v nejzápadnější části areálu. Její spodní kruhová část, dnes zčásti ukrytá pod terénem a přístupná otvorem v klenbě, sloužila jako hradní vězení. Věž byla přístupná prvním patrem po můstku z hradby přilehlého paláce. Hrad byl obklopen příkopem, který se dosud zachoval téměř kolem celého hradu s výjimkou prostoru před zámkem, kde byl zasypán v souvislosti se stavbou zámku v třicátých letech 19. století.
V období 14. a 15. století se na Klenové vystřídalo několik generací pánů z Klenového a Janovic. Za vlády Lucemburků předpokládáme intenzivní stavební činnost, zejména v severovýchodní části horního hradu nad zachovanými sklepy. Do té doby lze klást parkánový ochoz kolem celého hradu, který musel být na severní straně založen na klenutých obloucích, dodnes patrných z pohledu od hradního příkopu. Dnešní podoba jihovýchodní části paláce, dnes nejzachovalejší části hradního torza, byla podle zachovaných článků vytvořena v době Václava IV. V prvním patře byl vybudován nový sál s tzv. husitskou kaplí, přiléhající k terase, zřízené v 19. století. Ve svorníku její křížové žebrové klenby, dnes chráněné novodobou střechou, která se výrazně uplatňuje v siluetě hradu, je dodnes viditelná kamenická značka. Tehdy také vznikla polygonální nástavba asi starší kulaté věže, v níž byla umístěna hradní kaple. Po jejím zřícení byl prostor opět v 19. století upraven na vyhlídkovou terasu.
V letech 1420 - 1465 vlastnil rodové sídlo Přibík z Klenového, proslulý válečník, jedna z nejvýznamnějších osobností tehdejšího politického života. Během husitských válek se mu podařilo obsadit Stříbro, jež delší čas držel a za jehož postoupení posléze získal značně panství, zejména Volyňsko a Protivín. Tento čin se zapsal do análů husitských válek jako jedna z nejvýznamnějších událostí této bouřlivé doby. Účastnil se též obléhání Plzně, zároveň prý obležené tajně zásoboval. Vedle různých diplomatických služeb českým králům je příznačný i jeho výpad do Bavor v roce 1450, kde uloupil 600 kusů dobytka a koní. K jeho osobě se též váže pověst, zaznamenaná Václavem Hájkem z Libočan. Podle ní roku 1447 zajal dva polské mnichy, cestující do Bavor, kvůli podezření, že do Říma nesou zprávy, zaměřené proti kališnickému biskupovi Janu Rokycanovi. Krutě je mučil a posléze - aby mučení nevyšlo najevo - je nechal umořit hlady v již zmíněném hradním vězení v hranolové věži. Nejvýznamnějším stavebním činem Přibíka z Klenového bylo další posílení fortifikace. Na nejvíce ohrožené straně, přivrácené k východu, byl svah staršího valu obezděn mohutnou zdí, před ní byl vyhlouben druhý příkop a navršen další val. Tento systém se dodnes zachoval severně od hradu. Podél přístupové cesty a na tak zvané jižní zahradě však byl příkop zasypán a val rozmetán. Nové opevnění bylo progresivní zejména proto, že na koruně opevnění, přístupné z vlastního hradu po rampách, bylo možno manévrovat s děly. Bašty byly přistavěny až dodatečně v pozdní gotice a obezdívku zřejmě mírně přečnívaly. Kromě své vojenské funkce sloužily jako opěrné konstrukce postupně se vychylujícího zdiva. Severní část se zhroutila a byla znovu vybudována až v devatenáctém století v poněkud atypickém tvaru. Podél jižní části, dnes skryté v tělese zámku, se nacházely užitné budovy.
V první polovině 16. století skončilo na Klenové panství rodu Klenovských a přes několik dalších majitelů hrad r. 1553 získal Jiří Harant z Polžic a Bezdružic, nezámožný šlechtic, který však působil jako vysoký úředník v císařských službách. Ten na Klenové znovu obnovil panské sídlo. Stavební práce se týkaly zejména horní části hradního paláce. Jedinou dodnes zachovanou částí je budova tzv. purkrabství, tehdy přestavěná z pozdně gotické kuchyně. V sálovém prostoru v patře byl před polovinou 20. století objeven freskový vlys s erby majitelů panství a spřátelené šlechty. Podle tradice se na Klenové narodily některé z mnoha dětí Jiřího Haranta, mezi nimi i Kryštof Harant z Polžic a Bezdružic, významný renesanční politik, cestovatel, hudební skladatel a spisovatel. Ten panství převzal po roku 1584 spolu se svým bratrem Adamem. Adamova část zůstala v harantovských rukou, zatímco Kryštofova se dostala jeho švagrovi, opět Přibíku z Klenového. V roce 1646 byly obě spojeny v rukou hraběte z Martinic. Zhruba od této doby se datuje pustnutí. V roce 1737 se hrad připomíná jako trosky.
Kryštof Harant z Polžic a Bezdružic (1564 - 1621) je nejvýznamnější osobností, spojovanou s Klenovou. S největší pravděpodobností se totiž narodil právě zde, neboť Klenová byla v té době sídlem jeho otce. Dostalo se mu pečlivého vychování z části u domácího učitele, z části na škole v Plzni. Obsáhlé vědomosti a dovednosti získal v kulturním prostředí innsbruckého dvora arciknížete Ferdinanda II. Tyrolského, kam přišel roku 1576 na otcovo přání. Naučil se latině, řečtině, italštině a němčině, vzdělával se v historii, zeměpise, státovědě, politice, teologii, hudbě, matematice a přírodních vědách. Společenský ruch, styky se zahraničními hosty, jakož i provázení Ferdinanda na cestě do Itálie položily základy k jeho cestovatelské zálibě. Po otcově smrti roku 1584 se ujal správy rodinných statků. 1594 až 97 se účastnil protitureckého válečného tažení, během něhož osvědčil vojenský talent i věrnost císaři. Po návratu mu zemřela manželka; pod vlivem této události a zároveň veden ctižádostí blíže poznat země obývané Turky se rozhodl pro pouť do Svaté země. Odjel na jaře 1598 doprovázen svým švagrem rytířem Heřmanem Černínem z Chudenic. Cestu, která vedla přes Bavorsko a Tyroly do Itálie, dále na Krétu, Kypr, do palestinské Jaffy, dnešního Tel Avivu, Jeruzaléma a do Egypta, popsal v cestopisu Putování aneb Cesta z království Českého do města Benátek, jednom z nejslavnějších děl českého písemnictví. Od podzimu 1599 pobýval Kyrštof Harant střídavě na tvrzi Bělá a v Plzni, kde se osobně seznámil s císařem Rudolfem II. Od roku 1600 patřil k jeho úzkému kruhu. 1603 byl povýšen do panského stavu. Po smrti Rudolfa II. působil krátce ve službách Matyášových. 1614-15 byl vyslán s diplomatickým poselstvím do Španělska. Cestu přes západní Evropu údajně popsal v německém cestopise, jehož rukopis se nedochoval. Po návratu odešel z habsburských služeb, žil na hradě Pecka, který získal 1603 druhým sňatkem, věnoval se hospodářství, literatuře a především hudbě jako skladatel a zakladatel zámecké kapely. Dodnes se zacovalo několik Harantových skladeb. 1618 z ne zcela jasných důvodů přestoupil k víře podobojí a aktivně se zapojil do stavovského povstání. 1619 dokonce velel dělostřelbě při obležení Vídně. Za vlády Fridricha Falckého vykonával různé funkce u dvora - královský dvorní a komorní soudní rada, prezident České komory. Pro účast v odboji byl po porážce povstání v únoru 1621 zatčen a odsouzen k smrti stětím. Poprava byla vykonána 21. června na Staroměstském náměstí v Praze. Pohřben byl do kostelní hrobky na hradě Pecka.
V 19. století byla Klenová kromě několika hospodářských stavení v předhradí zcela zpustlá. Roku 1832 panství zakoupil hrabě Josef Filip Eduard Stadion-Warthausen und Thannhausen. Jeho rodina vlastnila nedaleké panství Trhanov, on sám panství Chlum u Třeboně. Hrabě Stadion započal obnovu Klenové v duchu dobového romantismu. V prostoru jižního opevnění vybudoval zámek, do kterého zahrnul starší stavby, což určilo jeho podobu, sestávající ze tří zřetelně oddělených částí. Z nich nejpozoruhodnější je část západní, kde se nacházelo reprezentativní sídlo majitele, která byla vyzdobena v novogotickém slohu jako jeden z velmi časných příkladů jeho užití v Čechách.
Hradní ruina byla užita jako romantická kulisa. Hrabě Stadion zde upravil vyhlídkové terasy a vyspravil také velkou hranolovou věž, kterou završil střechou s ochozem. Zasypáním příkopu a vyrovnáním terénu vznikl dnešní prostor mezi hradem a zámkem, kde byl založen park. Hrabě Stadion dále vybudoval spodní bránu, v patře horní brány zřídil kapli, v prostoru před velkou věží vystavěl kočárovnu v novogotickém stylu. Ale náročné stavební práce jej pravděpodobně vyčerpaly, takže 1836 musel Klenovou postoupit svému bratru Franzi, který se v roce 1848 nakráko stal rakouským ministrem vnitra, a roku 1838 bylo panství prodáno Františku Václavu Veithovi. Ten dokončil zámecké interiéry, jejichž dekorativní výzdobu (iluzivní táflování stěn) pravděpodobně zadal proslulému českému malíři Josefu Navrátilovi, který pro něj a pro jeho příbuzné pracoval též na jiných místech v Čechách, například na zámcích Jirny či Liběchov. Podrobný popis zámku v již definitivní podobě známe z proslulé publikace Františka Antonína Hebera o českých hradech a tvrzích z roku 1848. Za dalšího majitele zámku Heliodora Heidla, který někdy po roce 1849 zámek získal a držel jej až do r. 1880, bylo západní novogotické křídlo upraveno v novorenesančním stylu a sjednoceno se zbývajícími částmi. Podobně byly vyzdobeny byly též interiéry, které dostaly bohatou štukovou výzdobu, byly vytapetovány a dveře i okna byly orámovány dřevěným ostěním s římsami a rozeklanými nástavci. Za Heidla byl v šedesátých letech zasypán příkop na jižní straně, na zásypech založena zahrada. Drobné úpravy pokračovaly i za dalšího majitele Felixe z Heintscheln, rytíře z Heineggu, který v podhradí vybudoval tzv. Vilu Paula, později přejmenovanou naVilu manželů Kotrbových. Po jeho smrti nechala manželka na jeho památku postavit na nedalekém návrší, kde se dříve nacházel předsunutý hrádek, novogotickou kapli sv. Felixe. V soukromých rukou zámek zůstal do r. 1951, kdy byl hrad a zámek odevzdán do správy Národní kulturní komise. Jako poslední majitel je uvedena malířka Vilma Vrbová - Kotrbová. V roce 1963 byla na Klenové zřízena galerie výtvarného umění.
Mediálními partnery galerie jsou internetový server ŠumavaNet.cz a časopis Art&Antiques.